Chuyện phim Ngọc Chiêu Lệnh Phần 2 tiếp tục kể về Đoan Mộc Thúy (Trương Nghê Thượng đóng).
Nam nhân Triển Hồng (Quan Hồng thủ vai) lạnh lùng, ít nói nhưng dù vậy đã khiến tâm trí nàng liền hỗn loạn không rõ nguyên nhân. Phần trước cả hai đã đồng hành cùng nhau phá loạt án để rồi ranh giới giữa người và tiên cũng vậy mờ dần đi thì ở phần 2 Ngọc Chiêu Lệnh một lần nữa cả hai nối lại tình xưa sau khi trải qua một chuyện hiểu lầm khiến họ phải chia xa.
Tuy hiểu ra nguyên nhân mọi chuyện, nhưng cả Đoan Mộc Thúy lẫn Triển Hồng đều muốn nhận lỗi về cho bản thân mình.
Họ phát hiện ra một âm mưu lớn đằng sau người sai khiến cô xuống trần gian trừ yêu diệt quái. Quả đúng như đạo lý mà nàng ngộ nhận ra trước kia “kẻ làm người chưa chắc đã tốt, kẻ làm yêu chưa hẳn đã xấu”. Từ đây Đoan Mộc Thúy quyết tìm ra sự thật với sự trợ giúp của Triển Hồng, nhưng vô tình anh lại trở thành mối đe dọa của cô khi kẻ xấu đang tìm cách bắt anh làm con tin.
Thương Trụ vô đạo, Cơ Vũ thay thế. Dưới đài Phong Thần, Khương Tử Nha đã nhường thần vị, cam nguyện làm công hầu dưới nhân gian, bảo vệ nghĩa nữ Đoan Mộc Thúy trở thành tiên.
Thoắt cái đã ngàn năm, thiên hạ là của Đại Tống. Vì danh tiếng "thẩm vấn cả âm dương" của Bao Thanh Thiên, Đoan Mộc Thúy hạ phàm lập nên môn phái "Tế Hoa Lưu", Tứ phẩm Đới đao Hộ vệ Triển Chiêu phụng lệnh Bao Chửng, "bù trừ lẫn nhau" với Đoan Mộc Thúy, trải qua vài phen đồng sinh cộng tử thì lặng lẽ nảy sinh tình cảm.